Table columns:
# = Cluster number.
L = Cluster length(number of matched residues).
P = The floor of (log-base-10 of the P-score).
M-pat = Number of pattern matches.
M-seq = Number of matches to the sequence component alone.
M-str = Number of matches to the structure component alone.

"Pattern template" gives an example of the spacing of pattern residues. The length and spacing are taken from a pattern match of length-span equal to the median value. Note that the length and spacing may vary between pattern matches. (Click on the template to see the full pattern description.) Residue classes are represented by lowercase single-character abbreviations according to the scheme: v-[VILM], f-[FYW], g-[AGS], d-[DE], n-[NQ], s-[ST], k-[KRH].

"Consensus SS" gives a consensus secondary structure for the pattern. H-helix, E-strand, C-coil; capital letters indicate that the corresponding state occurs in at least 75 percent of the matches; lowercase letters indicate that the corresponding state occurs in at least 50 percent of the matches. This is only an approximate representation, because the pattern matches have variable span length; the positions of each pattern match are mapped onto a template of length equal to the median span of the set of pattern matches in order to calculate the consensus.

To see the full description and the list of pattern matches for any pattern, click on the template link (it will open a new window automatically).

Pattern matches are described by the PDB(1) id, chain, SCOP(2) classification, and sequence positions, in the following format: 1xxxX/class.fold.super_family.family,res_1,...,res_n.
Note that all protein residue numbers are with respect to the SEQRES sequence (with 1 denoting the first residue in the sequence). These may differ slightly from the numbers given in the ATOM records.

References:
(1) H.M. Berman, J. Westbrook, Z. Feng, G. Gilliland, T.N. Bhat, H. Weissig, I.N. Shindyalov, P.E. Bourne (2000) The Protein Data Bank. Nucleic Acids Research, 28 pp. 235-242.
(2) Murzin A. G., Brenner S. E., Hubbard T., Chothia C. (1995). SCOP: a structural classification of proteins database for the investigation of sequences and structures. J. Mol. Biol. 247, 536-540.

#	L	P	Pattern template	Consensus SS	M-pat	M-seq	M-str
1	3	-165	v---Gv	HHHcCC	159	1123	1039
2	3	-136	v---dv	CChHHH	173	1606	1402
3	3	-131	L---Gv	HHHcCC	99	369	1062
4	3	-122	v---gv	HHHcCC	175	2707	1039
5	3	-114	vs---v	CCHHHH	143	1326	1355
6	3	-111	L---gv	HHHcCC	112	841	1067
7	3	-98	v-v------------------------v	EEEecCCcchhhhHHhhhhhh-cCcceE	112	7176	360
8	3	-85	v------------------------v-v	EEe-ccc---hhhhhhhhh-cccc-eEE	99	6978	338
9	3	-85	v-v--------------------------v	EEEecCCcc-hhhhhHHHHhhhh-cCCceE	90	8406	256
10	3	-85	g---Gv	HHHhCC	93	890	1002
11	3	-85	v---Gf	HHHcCC	76	447	1040
12	3	-82	v---d---v	CCHHHHHHH	90	3261	506
13	3	-82	v-v----------------------v	EEEecccc-hhhhhhhhhhhcccceE	92	5836	291
14	3	-74	v--------------------------v-v	EEeccCcc--hhhhhhhhhhh-cccceeEE	93	8151	367
15	3	-73	v---------------------v-v	Eeeccc---hhhhhhhh-ccc-eEE	83	5698	275
16	3	-72	v----------v-v	HHHHHHcCCCeEEE	60	4488	112
17	3	-61	v-----------v-v	HHHHHHcCCCCeEEE	55	5917	120
18	3	-59	v--------------------------vv	EEeccccccchhhhhhhhhhh-cCCcEEE	115	8736	824
19	3	-59	v-v-----------------------------v	EEEEcccccccccchhhhhhhHhhhh-cCCceE	70	8066	254
20	3	-58	v---G-v	eCCCCCE	51	1097	264
21	3	-58	v---gf	HHHcCC	77	1035	1041
22	3	-56	vP---v	CCHHHh	74	713	1431
23	3	-56	v---v--------------v	HHHHHHhcccccchhhhhhh	61	12427	181
24	3	-55	v---G-v	HHHCCCc	46	1097	213
25	3	-55	v------------------------v--v	EEcCCCCchhhhHHHHHHhhhccccCCEE	43	8113	64
26	3	-54	v-----------v---v	ee-cCCcchHHHHHHHH	61	12714	186
27	3	-54	v---Ev	CCHHHH	63	679	1005
28	3	-54	v---E---v	CCHHHHHHH	53	1366	548
29	3	-53	v----v--v	CChHHHHHH	84	3162	490
30	3	-51	v--v--------v	HHHHHhhCCcc-e	57	3395	173
31	3	-51	g---gv	HHHhCC	101	2616	1002
32	3	-49	v--v-----------v	HHHHHhhccccchhhh	72	7084	317
33	3	-49	v-----------------------------v-v	EEecCCcccc---hhhhhhhhhhh-cccceeEE	62	7975	254
34	3	-49	v--------------------v-v	Eeecc------hhhh-cccceeEE	63	5594	271
35	3	-48	v-v--------------------v	EEEecccc-hhhhhhhh-ccCceE	63	5719	266
36	3	-48	v---v---------------------------v	HHHHHHHhhh-----------hhhhhhhhhhhh	53	17175	161
37	3	-48	v--v--------v	HHHHHhhcCCc-e	59	3445	212
38	3	-47	v------------------------vv	EEEccccchhhhhhhhhhh-cCccEEE	93	7436	679
39	3	-47	v------------------v---v	hhhh-cccccc-chhhHHHHHHHH	54	12214	173
40	3	-47	v---------------v---v	hhhhhccCCc--hhHHHHHHH	50	12515	139
41	3	-47	v--v----------v	HHHHHhhcccc-hhh	61	5254	229
42	3	-47	v---v------------------------v	HHHHHHhhhhh--ccc----------hhhh	59	14728	221
43	3	-47	v--v------------------v	CCeeecccCCCccchhhhhcCCC	35	6659	49
44	3	-47	v-------------------v--v	eeecccccccc-hhhhccccCCee	41	6655	77
45	3	-46	v---Gg	HHHCCC	64	1070	898
46	3	-46	A----v-v	HHHcCCce	40	701	314
47	3	-45	v--------------v---v	hhh-cccCcc-cHHHHHHHH	55	12583	193
48	3	-45	v--G-v	HHCCCc	36	512	167
49	3	-45	v-v------------v	EEeccCCcchhhhhhh	44	6042	112
50	3	-45	v----------v---v	ee-cCcccHHHHHHHH	50	9627	152
51	3	-45	v-v-------------v	EEeecCCcchHHHHHHH	41	5895	93
52	3	-45	v--A------v	HHHHHHcCC-e	43	854	347
53	3	-44	v---v---------------v	HHHHHhhccccccchhhhhhh	53	12343	183
54	3	-44	v-----------------------------vv	EEe-cCcccccc-hhhhhhhhh--cccCcEEE	89	8448	678
55	3	-44	v--------------v--v	h--cccccc--hHHHHHHH	61	6779	255
56	3	-44	v-v----------------------v	EEEecccchhhhhhhhh-cccceEEE	56	5836	225
57	3	-44	v-v------------------------v	EEEecccc--hhhhhhhhh-ccCceEEE	62	7176	293
58	3	-43	v---------------------------v--v	hhhhhh--cc-c-ccccc--chhhhHHHHHHH	62	9464	269
59	3	-43	v------------------------v---v	hhh-c-cc------cccc-hhhhHHHHHHH	46	14820	128
60	3	-43	v-v--v	ccHHHh	81	1304	764
61	3	-43	v-v----------------v	EEEE-CCcc-hhhhhHHHHH	41	5819	101
62	3	-43	vd---v	CCHHHh	71	1456	977
63	3	-43	v--A------v	HHHHHHCCCeE	40	908	288
64	3	-43	v---g-v	ECCCCCE	54	2700	264
65	3	-43	v-------------------v--v	hhhhhh-cccc-hhHHHHHHHHHH	51	6655	167
66	3	-42	v---v--------------------v	HHHHHHHhccccCcc-hhhhhhhhhh	44	11971	120
67	3	-42	vv--------------------------v	EEEecCcccchhhhhhHhhhhccCcceEE	86	8846	648
68	3	-42	v-----------v--v	--ccCCcchHHHHHHH	60	6867	262
69	3	-42	L---dv	CChHHH	50	489	1173
70	3	-42	v--v------v	HHHHHhcCC-e	57	3473	241
71	3	-42	v-v-----------------------------v	EEe--ccc-------cc-cc------c--h---	37	8066	79
72	3	-42	v---GI	HHHcCC	36	198	1042
73	3	-41	v---v---------------------v	HHHHHHHhccccc------hhhhhhhh	45	11924	135
74	3	-41	v----v--v	CCHHHHHHH	69	3386	426
75	3	-41	v--v-------------v	HHHHHhhhccccccc---	59	6939	258
76	3	-41	v---dL	cChHHH	54	502	1504
77	3	-41	v---------------------v--v	EEecccc--hhhhhhHhhccccccEE	36	6609	69
78	3	-40	v--v------v	HHHHHHcCCce	56	3326	257
79	3	-40	v---g-v	HHHCCCc	48	2700	213
80	3	-40	vv--------------------------v	EEEeccccc-hhhhHHHhhhhccCccEEE	88	8846	728
81	3	-40	v---------------v--v	hhh-cccCCcchhHHHHHHH	54	6623	221
82	3	-40	v-----------------------------v--v	hhhhhh--cc-----c--c-----hhhHHHHHHH	51	9147	192
83	3	-39	vg---------v	HHHHhCCCHHHh	44	2666	167
84	3	-39	v--g------v	HHHHHHcCCce	57	2842	327
85	3	-39	v-------------------v---v	---cccccccc--hhhhHHHHHHHH	43	12034	131
86	3	-39	L--L------------------L	CCEEECccCCCcccHHHhhcCCC	17	268	54
87	3	-39	v----------------------vv	EEeccc--hhhhhhhhh-cCcceEE	75	5900	551
88	3	-39	v--------------v-v	HHHHHhhccccCCceEEE	37	5898	92
89	3	-38	v--v--------------------------v	HHHHHHhhhhh--cccc-------hhhhhhh	52	9407	210
90	3	-38	vg---------v	HHHHhCCChHHh	50	4103	243
91	3	-38	v----------------------v---v	---cccccccc-cccc-hhhhHHHHHHH	40	12008	111
92	3	-38	vs---f	CCHHHH	49	491	1338
93	3	-38	L----v--v	CCHHHHHHH	48	968	618
94	3	-38	vv------------------------v	EEEcccchhhhhhhhhhhhcccccEEE	83	7533	686
95	3	-37	vv--------------------------v	EEEecCccchhhhhHHHHhhccCCceEEE	64	8846	389
96	3	-37	v---Gk	eCCCCC	32	596	296
97	3	-37	v--------------------------v---v	hhhh-h--------ccc----hhhhHHHHHHH	49	17405	199
98	3	-37	v--v------------------------v	HHHHHHHhhh--ccc-----hhhhhhhhh	54	7932	245
99	3	-37	v-v--------------------------v	EEEEccccc---h-hhhhhh-cccCceEEE	58	8406	323
100	3	-37	v--v---------------------v	HHHHHHhhhhccchhhhhhhhhhhhh	45	6500	156
101	3	-36	A---Gf	HHHcCC	28	118	1015
102	3	-36	v---v------------v	HHHHHHHhccCccc--ee	53	12691	253
103	3	-36	vv------------------------v	EEeccccc--hhhhhhhh-ccCcceEE	73	7533	546
104	3	-36	vT---v	cCHHHH	49	586	1220
105	3	-36	v----------v--v	--ccCcccHHHHHHH	46	5209	172
106	3	-36	L---GI	HHHcCC	25	82	1015
107	3	-36	A---G-v	HHHcCCc	23	270	196
108	3	-36	v-------------------v---v	hhhccccccccc-hhhhhHHHHHHH	38	12034	109
109	3	-35	v----k--v	CCHHHHHHH	53	1615	545
110	3	-35	v--v------------------v	CCeee--cCCCCCChhhhhcCCC	25	6705	32
111	3	-35	v------------------v--v	hhhhcccCCccchhHHHHHHHHH	45	6565	168
112	3	-35	v--------------v----v	e-ccccccccccee-cCCCCC	25	11515	36
113	3	-34	L--v------------------L	CCEEeCccCCCccchHHhccCCC	18	681	54
114	3	-34	v---v------------------v	HHHHHHhh-ccccc------hhhh	39	12247	127
115	3	-34	vg---v	cCHHHH	95	2616	1377
116	3	-33	g----v-v	HHHcCCce	48	2436	314
117	3	-33	v-----v-----v	ECCCCEECCCcEE	20	5763	22
118	3	-33	v---d---L	CCHHHHHHH	32	979	465
119	3	-33	v------------------------v--v	hhh-------cccccccchhhhHHHHHHH	55	8113	302
120	3	-33	v---------v-v	HHHHhcCCCeEEE	30	3060	70
121	3	-32	vv-----------------------------v	EEEecCcccc-hhhhhhHHHHhh-ccccceEE	76	8500	695
122	3	-32	v-v---------------------------v	EEe-ccccc----cc-ccc------------	33	8406	92
123	3	-32	v--v-------------------------v	cCEeeCCCCCCchhhhhhhhhhh-ccCCCC	24	9407	34
124	3	-32	v---GL	HHHcCC	34	301	1044
125	3	-32	v--g------v	HHHHHHCCCeE	49	2996	288
126	3	-32	v--g-v	HHCCCc	37	1323	167
127	3	-32	v----k--v	CCHHHHHHH	44	1649	406
128	3	-32	v-v-----------------v	EEEecccccccc-----hhhh	31	5715	83
129	3	-32	v-v------------v	EEEEeccCCcceEEEE	51	6042	306
130	3	-31	v---gI	HHHcCC	38	437	1042
131	3	-31	vv------------------------v	EEeeccc-hhhhhhhhhh-ccCcceEE	70	7533	592
132	3	-31	v-------------------------v--v	EEccCCCChHHhHHHHHHHhhcccccCCEE	28	9464	56
133	3	-31	g---G-v	HHHcCCc	28	887	196
134	3	-31	L---gI	HHHcCC	27	157	1015
135	3	-31	v------------------------v-v	EEeccc--hhhhhhhhh-ccccceEEEE	51	6978	313
136	3	-31	v---v----------v	HHHHHHhcCCCC--ee	33	9592	96
137	3	-31	g----v-v	HHHcCCce	54	2564	460
138	3	-31	v--n-v	CCCCCC	28	424	220
139	3	-30	v-v----------------------v	EEEeecccccc--cccccchhhhhhh	31	5836	86
140	3	-30	v---v---------v	HHHHHhhccccc---	33	6258	102
141	3	-30	fs---v	CCHHHH	40	458	1229
142	3	-30	v---v----------------------------v	HHHHHHHh-c---cccc---hhhhhhhHhhhhhh	33	16587	101
143	3	-30	v---------------v-v	hhHhhhhh--ccCcceEEE	31	5817	90
144	3	-30	f---Gv	HHHcCC	34	354	1007
145	3	-30	v-------v-v	EEeCCCcEEEE	47	2952	288
146	3	-30	g---Gf	HHHcCC	34	352	1015
147	3	-30	v--L------v	HHHHHhCCCce	31	1062	243
148	3	-30	v----v-v	HHhcCCc-	47	2739	316
149	3	-30	v--v------------------------v	CCEEECCCCCCc-hhhHHHhhhh--CCCC	24	7932	40
150	3	-30	v----v----v	HHccCCChhhe	29	5827	81
151	3	-30	v--v-----v	HHHHHHCCC-	37	3090	156
152	3	-30	v--v--------------------------L	HHHHHHHHhhhc--ccc-c-----hhhhhhh	27	2842	155
153	3	-30	v-v--------------------v	EEEecccc--hhhh---cccceEE	43	5719	223
154	3	-30	vv-----------------------------v	EEe-cccccc--hhhhhhhHhhh-ccCCceEE	75	8500	746
155	3	-30	v------v-v	ee-Cc-eeee	40	2813	209
156	3	-29	v-v-----------------------v	EEEe---ccc--cccc----h-hhhhh	33	7176	109
157	3	-29	v------------------v--L	hhhhcccCCchhhHHHHHHHHHH	26	1986	142
158	3	-29	v--v--------------------v	HHHHHhhc--cc-cc---hhhhhhh	41	6659	178
159	3	-29	vs---A	cCHHHH	35	389	1081
160	3	-29	v-------------------v--L	hhhhc-cCCchhHHHHHHHHHHHH	25	2009	126
161	3	-29	vv----------------------v	EEEecccc-hhhhhhhh-cccceEE	66	6106	581
162	3	-29	A---g-v	HHHcCCc	25	739	196
163	3	-29	C--C--------------------C	CCCCCCCCCceeEecCCCeEEchhc	8	40	13
164	3	-29	v---v--------v	HHHHhChhhhhhhh	31	6354	96
165	3	-29	vs---k	CCHHHH	46	706	1272
166	3	-28	v----vP	HHHchHH	23	709	158
167	3	-28	v---L-------------------v	HHHHHHHh--ccccchhhHhhhhhh	21	3493	79
168	3	-28	v-----------v---L	---cCCcchHHHHHHHH	29	3879	225
169	3	-28	f---G-v	eCCCCCe	23	401	272
170	3	-28	v-P--v	CCHHHh	41	299	1188
171	3	-28	v-------------------------L--v	EECCCCCCchHHHHHHHHHHhhcCCCCCEE	20	2385	63
172	3	-28	v----------A---v	HhhcccccHHHHHHHH	26	3059	202
173	3	-28	v---A------v	HHHHHHHcCCc-	23	1542	141
174	3	-28	v---v---------------L	HHHHhhhcchHhhHHHHHHHH	20	3653	69
175	3	-28	v-----------g---v	hhhccccccHHHHHHHH	38	10371	202
176	3	-28	v--v---------------v	HHHHhhhcc-cccccchhhh	42	6771	204
177	3	-28	v---------------------v--v	hhhhhhh---cccchhhHhHHHHHHH	40	6609	181
178	3	-27	v--v------------------v	HHHHHHhhhhccc-c-hhhhhhh	44	6705	231
179	3	-27	v---v-------v	HHHHHHhCCCcee	26	6478	63
180	3	-27	v--L------------------v	CCeeecccCCCCCChhhhhhcCC	18	1961	47
181	3	-27	v------------------------L-v	e-ccccc--hhhhhhhhhh-cccceEEe	27	1922	233
182	3	-27	v------------------v-v	Eee-c----ccc-cccc-eeEE	39	5632	204
183	3	-27	v------------------v--v	ee-ccCCCCCC-hhhh-ccCCee	25	6565	54
184	3	-27	v----f--v	cCHHHHHHH	36	1054	473
185	3	-27	v----v-v	hhhCCcce	57	2709	589
186	3	-27	v-v-------------v	EEEEeecCCCceeeEEE	46	5895	303
187	3	-27	v---d-v	cCCCCEE	30	1737	181
188	3	-27	v----------------------v-v	EEeccccchhhhhhh---cccceEEE	40	5698	215
189	3	-27	C--C------------------C	CCCCCCcCeeEeeeCCeeeeh-c	8	42	19
190	3	-27	v-------v-v	hhhcCCCceEE	25	3071	62
191	3	-27	f---dv	cCHHHH	39	538	1224
192	3	-27	v-v-----------------------------v	EEEEeccccc----hhhhhhhhh--cccceeEE	46	8066	304
193	3	-27	v---v----v	HHHHHhCCC-	34	5827	155
194	3	-27	v---k-----v	HHHHHhCCC-e	29	3183	172
195	3	-27	v---df	CCHHHH	43	561	1521
196	3	-27	v----L--v	cChHHHHHH	34	949	465
197	3	-26	L-----------v-v	HHHHHHhCCCCeEEE	21	1615	111
198	3	-26	vv----v	HHHhcCc	58	2672	647
199	3	-26	C--C---------------------C	CCCCCCCCCccceECCCCCcEEChhh	8	39	22
200	3	-26	v---dA	cCHHHH	36	402	1362
201	3	-26	v--------------------vv	Eecccc--hhhhhhhhcCCceEE	57	5801	506
202	3	-26	v---GY	HHHcCC	24	164	1012
203	3	-26	v-k--v	cCHHHH	57	744	1158
204	3	-26	v-----------------------------vv	hh-----------ccc-------hhhHHHHHH	45	8448	293
205	3	-26	v---------------v-v	Eeee-e--ccccc-eeEEE	40	5817	230
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482	3	-17	v------------------------A--v	-----c------cccchhhhHHHHHHHHH	18	1959	180
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623	3	-15	fD----v	EcCCCce	13	282	263
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634	3	-15	v-----------------L------V	EECCCchhHHHHhhHHHHHHhcCCeE	6	644	12
635	3	-15	v---k-----V	HHHHHHCCCc-	11	636	123
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639	3	-15	L--------------vv	HHhhhccCcHHHHHHHH	13	1730	84
640	3	-15	v---P--v	HHHCHHHH	12	589	101
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6	4	-32	v-G-g--g	EECCCHHH	12	113	19
7	4	-31	G-S-Gg	EECHHH	9	19	17
8	4	-31	G-g-Gg	EECHHH	10	44	17
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16	4	-24	L-----vG---A	HHcCCCCCHHHH	7	19	23
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22	4	-23	vv------------------------------vv	EEEeCCccCccccHhhHHHHHHHHhccCCCcEEE	20	1309	163
23	4	-23	v-v-----------------------------vv	EEEecccCCCcCchhhHHHHHHHhhhcCCCcEEE	17	1002	111
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